Δυστυχώς, είναι πολύ τοξική για όλα τα ζώα, αν και δεν είναι τοξικό για ορισμένους άλλους οργανισμούς, όπως ορισμένα είδη μακροφυκών που την καταναλώνουν εύκολα.
Σε ένα στρωμένο ενυδρείο ύφαλων, η παραγόμενη αμμωνία απορροφάται συνήθως γρήγορα, έτσι τα μακροφύκη/ αλγες την χρησιμοποιούν για να παράγουν πρωτεΐνες, DNA και άλλα βιοχημικά που περιέχουν άζωτο, τα βακτήρια με την σειρά τους παίρνουν και μετατρέπουν σε νιτρώδη, νιτρικά και αζωτούχα αέρια (ο περίφημος "κύκλο αζώτου"), όλες αυτές οι ενώσεις είναι πολύ λιγότερο τοξικές από την αμμωνία (τουλάχιστον για τα ψάρια), επομένως τα απόβλητα αμμωνίας ταχέως "αποτοξινώνονται" υπό κανονικές συνθήκες.
Υπό ορισμένες συνθήκες, ωστόσο, η αμμωνία μπορεί να είναι μια από τις ανησυχίες μας, όπως κατά την αρχική εγκατάσταση ενός ενυδρείου ύφαλου ή όταν προστίθεται νέος ζωντανός βράχος ή αραγωνιτης, μπορεί να παραχθεί μια αφθονία αμμωνίας που οι διαθέσιμοι μηχανισμοί δεν μπορούν να αποτοξινωθούν αρκετά γρήγορα, αλλα σε βαθος χρονου!
Υπό τις συνθήκες αυτές, τα ψάρια διατρέχουν μεγάλο κίνδυνο, τα επίπεδα αμμωνίας στο 0,2 ppm μπορεί να είναι επικίνδυνα για τα ψάρια, σε τέτοιες περιπτώσεις, τα ψάρια και τα ασπόνδυλα πρέπει να απομακρύνονται σε καθαρότερο νερό ή στο ενυδρείο που έχει υποστεί επεξεργασία με προϊόν που δεσμεύει την αμμωνία.
Πολλοί χομπιστες μπερδεύονται από τη διαφορά μεταξύ της αμμωνίας και μιας μορφής της που πιστεύεται ότι είναι λιγότερο τοξική: το αμμώνιο.
Αυτές οι δύο μορφές αλληλομετατρέπονται πολύ γρήγορα (πολλές φορές ανά δευτερόλεπτο), έτσι ώστε για πολλούς δεν είναι ξεχωριστές χημικές ουσίες, αυτά σχετίζονται με την αντίδραση όξινης βάσης που παρουσιάζεται παρακάτω:
Αμμωνία + ιόν υδρογόνου (όξινο) ß ιόντα αμμωνίου
Ο μόνος λόγος για τον οποίο πιστεύεται ότι το αμμώνιο είναι λιγότερο τοξικό από την αμμωνία είναι ότι, επειδή είναι ένα φορτισμένο μόριο, διασχίζει τα βράγχια των ψαριών και εισέρχεται στην κυκλοφορία του αίματος με μεγαλύτερη δυσκολία από την αμμωνία, η οποία διαβιβάζεται ευκολότερα στις μεμβράνες των βράχων και εισέρχεται γρήγορα στο αίμα .